Nel 1979 le Suore Cappuccine, proprietarie di un antico edificio presente nella Piazza del Duomo di Pisa, decisero di abbandonare il loro convento per ritirarsi in un ambiente più idoneo. La Deputazione dell’Opera della Primaziale Pisana vide allora l’opportunità di colmare quella mancanza di spazio che lo sviluppo della Fabbriceria da tempo richiedeva, per dare idonea sistemazione a opere d’arte di eccezionale valore e a collezioni che risultavano allora in temporaneo deposito.

Nel 1986 veniva così aperto a Pisa il Museo dell’Opera del Duomo sotto la guida scientifica di una Commissione presieduta dal Prof. Guglielmo De Angelis d’Ossat sotto la Presidenza del Prof. Giuseppe Toniolo dell’Opera della Primaziale.

Dopo più di trent’anni l’attuale Deputazione dell’Opera della Primaziale Pisana ha ritenuto di riallestire il museo con un nuovo percorso affidato a studiosi e restauratori guidati dal Prof. Marco Collareta e un suggestivo allestimento di cui si sono occupati gli studi di architettura di Adolfo Natalini e di Magni&Guicciardini, il tutto coordinato dalla Direzione Lavori dell’Ing. Giuseppe Bentivoglio.

Un riallestimento necessario perché tutta la parte impiantistica, illuminotecnica e dei sistemi di controllo era assolutamente obsoleta, ma soprattutto la scelta di una nuova e contemporanea filosofia di presentazione delle opere che nel precedente allestimento si presentavano esposte con un allestimento minimo e oggi risultano inserite all’interno di una scenografia spettacolare.

L’Opera della Primaziale Pisana ha ritenuto che il precedente allestimento, pur nella sua corretta esposizione, fosse rivolto a una comprensione forse più adatta a studiosi e appassionati d’arte mentre l’attuale, attraverso specifiche ambientazioni, si presenta con una più facile lettura. La disposizione delle opere ora non è soltanto cronologica ma impostata, almeno al piano terra dedicato alla grande scultura pisana, per monumento di appartenenza. Si parte dalla Cattedrale per finire con il Campanile, il tutto con un apparato didascalico e con postazioni multimediali realizzate dall’Istituto TeCIP della Scuola Sant’Anna di Pisa, diretto dal prof. Massimo Bergamasco.

Il percorso si sviluppa attraverso 26 sale per un totale di 380 opere con l’ingresso di nuove opere restaurate come il Trittico della Madonna in trono e santi, tempera e oro su tavola realizzata da Spinello Aretino o la corona, lo scettro, il globo e un raffinatissimo drappo dell’Imperatore Enrico VII, recuperati in occasione della ricognizione della sua tomba effettuata nel 2014.

Chiude il museo lo splendido chiostro che si affaccia sul Campanile che conserva al piano terra le statue raffiguranti la Madonna con Bambino, gli Evangelisti e i Profeti scolpiti da Giovanni Pisano per il Battistero, inseriti in un nuovo allestimento il cui obbiettivo è quello di riprendere la suggestione offerta dalle trifore del monumento dove sono ora conservate le copie.

Il museo, come ormai molti grandi contenitori conservativi nel mondo, ha nella parte superiore del chiostro un bar/caffetteria che si affaccia sulla Piazza, un moderno bookshop allestito in una sala all’ingresso, e un nuovissimo riallestito Auditorium dotato di nuovi impianti audiovisivi e di nuovi corpi illuminanti.