La Cappella Musicale nel corso della sua attività plurisecolare ha accumulato una straordinaria ricchezza di partiture composte da maestri più o meno illustri, uno fra tutti, Giovan Carlo Maria Clari.
L'archivio musicale è diviso in due sezioni: l'archivio storico comprende le partiture utilizzate nell'antichità dalla Cappella Musicale. A seguito del disastroso incendio della Cattedrale, nel 1595, il materiale cartaceo fu totalmente distrutto. La partitura più antica risale quindi al XVII secolo: di Teofilo Macchetti "Responsi per i morti a cinque".
L'Opera della Primaziale Pisana dispone anche di un archivio moderno, che comprende le partiture adoperate dall'attuale cappella musicale.
Nel sua interezza, l'archivio conta circa 4000 lavori che possono essere resi disponibili al pubblico che ne faccia richiesta contattando il Direttore della Cappella Musicale della Cattedrale.
