Nell'impossibilità di disporre dell’importo complessivo necessario all’attuazione del progetto generale l’Istituto, in accordo con l’Opera della Primaziale Pisana, ha deciso di procedere ad una sua attuazione in diversi stralci.
Un primo stralcio è stato finanziato dal Ministero per i Beni e le Attività Culturali nel 2002 per un importo di € 464.810,00 ed ha interessato l'ultimo ordine della Torre, la cella campanaria e il paramento lapideo delle pareti della sala del piano terra. La spesa per l'installazione dei ponteggi è stata sostenuta dall'Opera della Primaziale Pisana.
Un secondo stralcio del progetto generale, finanziato parte dal Ministero per i Beni e le Attività Culturali nel 2003 (€.150.000,00) e parte dall'Opera della Primaziale Pisana (€ 91.160,00), ha interessato il restauro delle superfici lapidee del primo ordine della Torre.
Un terzo stralcio, iniziato alla fine del 2004, è stato finanziato interamente dall'Opera della Primaziale Pisana. Le superfici interessate dall’intervento ancora in corso costituiscono l'interno dei quattro primi ordini dei loggiati.
Una parte del restauro di tutte superfici lapidee, pari a 1/3 della loro estensione, è sempre stata effettuata dai restauratori dell'Opera della Primaziale Pisana. La Direzione dei lavori è sempre stata curata dall'Istituto Centrale per il Restauro.
Nel novembre 2004 con l'approvazione del programma triennale 2004-2006 degli interventi e delle attività culturali da realizzare con gli introiti del gioco del lotto si è potuta avviare la fase dei grandi lavori che porteranno alla conclusione dell’intervento di restauro sulla Torre con il completamento del restauro di tutte le superfici lapidee esterne e il restauro e l'allestimento degli ambienti interni.
L'importo approvato per il triennio 2004-2006 pari a € 2.046.820,40 è stato integrato con fondi dell’Opera della Primaziale Pisana che ha dichiarato la propria disponibilità ad assumere l'onere della spesa necessaria al completamento del progetto generale.
I lavori di restauro previsti all'interno dei finanziamenti del gioco del lotto hanno interessato gli ambienti interni della Torre: la lunga scala elicoidale, le scale a chiocciola tra il VII° e l'VIII° ordine e tra l'VIII° Ordine e il coronamento, la canna cilindrica, fino a poco tempo fa occlusa dalla sala degli strumenti, e le grandi arcate del VII°Ordine.
Un ponteggio circolare leggero, realizzato con una lega di alluminio, è stato innalzato per restaurare le superfici esterne dei loggiati con un finanziamento previsto dall'Opera della Primaziale Pisana.
Tutti i lavori sono diretti dall’Istituto Centrale per il Restauro.
