Le rez-de-chaussée propose une lecture de l’ensemble monumental à travers des modèles, des épigraphes, des calques, mais surtout une vision de près des sculptures soustraites à la place lors des nombreuses restaurations. Dans la première salle se trouvent des marqueteries, des bas-reliefs, des chapiteaux provenant de la façade de la cathédrale, avec les restes du mobilier du presbytère et des dépouilles arabes, un chapiteau en marbre et un visage en bronze, orgueilleusement exhibés jadis au sommet de l’édifice: les trois âmes du premier art pisan y dialoguent – islamique, byzantin et classique. Le large couloir du cloître et la salle angulaire, encore décorée avec ses fresques primitives, accueillent les sculptures dont Nicola et Giovanni Pisano avaient couronné le Baptistère, ainsi que des groupes sculpturaux, toujours de Giovanni Pisano, qui ornaient les lunettes des portails de la Cathédrale et du Baptistère. La sculpture monumentale d’intérieur est représentée pour le début du XIVe siècle par les restes imposants du tombeau de l’empereur Arrigo VII, érigé au centre de l’abside, œuvre de Tino di Camaino à qui l’on doit l’étrange retable en marbre peint pour l’autel de San Ranieri, unique témoignage restant de cette typologie. Les tombeaux épiscopaux sculptés par Nino Pisano, le dernier des grands sculpteurs pisans, et par Andrea Guardi, l’élève de Donatello le plus actif en ville proviennent également de la zone presbytérale de la Cathédrale.
Le mobilier liturgique
Un ample espace a été réservé à l’exposition du fastueux mobilier liturgique médiéval, qui s’est enrichi au cours des siècles: les objets utilisés dans les rites sacrés, les parements à porter, les coffres et les vases pour les reliques étaient composés de matériaux très précieux, comme l’or, l’argent, le cristal, les pierres dures, les pierres précieuses et les perles, auxquelles faisaient pendant les parchemins riches d’enluminures. Dans un itinéraire au travers des liturgies variées, on passe des reliquaires en ivoire et émail à la petite Madone éburnée, au crucifix en bois de Giovanni Pisano, aux exultets – rouleaux en parchemin que le célébrant déroulait sur le pupitre- au service du XVIIe siècle du célèbre orfèvre parisien Pierre Ballin, aux sévères reliquaires des boutiques médicéennes, enfin au calice de forme néogothique donné en 1839 par Louis Philippe roi de France. Des fastueux tissus médiévaux cités dans les documents, il reste seulement une chape et un devant d’autel brodé datant du XIVe siècle, en revanche les parements de l’Église réformée sont bien représentés.
Le mobilier fixe de la Cathédrale
Le regain de ferveur religieuse qui à partir du XVe siècle avait modifié l’aspect de l’intérieur de la Cathédrale avec de nouvelles peintures et des sièges en bois incrusté, a disparu lors de l’incendie dévastant qui s’est abattu sur la Cathédrale en 1595. Ce qui fut sauvé, fut en partie réutilisé, même si à d’autres fins, et une partie mise de côté, même si la qualité était excellente, comme les marqueteries des Vertus sur cartons de Botticelli, celles du lombard Cristoforo da Lendinara et les perspectives sophistiquées du pisan Guido da Serravallino exposées aujourd’hui dans les salles du Musée de l’Œuvre. Le transport des reliques de San Guido (1752) du florentin Domenico Ferretti, faisant partie des grandes peintures qui au XVIIIe siècle tapissaient les murs de la nef centrale, est aujourd’hui au musée car au XIXe siècle on voulait faire place à une œuvre célébrant au mieux les gloires passées de la ville. Le panneau représentant la Vierge, exécuté par les frères Melani au début du XVIIIe siècle, élevé pour la fête de la Vierge, était en revanche intégré dans un spectaculaire apparat éphémère.
Les salles du Cimetière
Pour remémorer la période glorieuse où le Cimetière est devenu un des premiers musées publics européens, les collections des antiquités égyptiennes, étrusques et romaines que Carlo Lasinio (1759- 1838), conservateur du musée, avait opiniâtrement rassemblées et exposées, y ont été rangées. Nous lui devons également la reproduction de tout le cycle de fresques qui déjà à cette époque menaçaient d’être endommagées: les gravures, publiées par Giovanni Rosini, contribuèrent grandement à la célébrité de l’édifice. Les gravures exposées appartiennent à une rare série colorée à la main par le fils Gian Paolo et certains exemplaires d’une deuxième série imprimée en 1832 en format plus petit.