Au cours de son activité pluriséculaire, la Chapelle Musicale a accumulé une extraordinaire richesse de partitions composées par des maestros plus ou moins illustres, parmi eux Giovan Carlo Maria Clari.
Les archives musicales sont divisées en deux sections: Les archives historiques comprennent les partitions utilisées par la Chapelle Musicale dans l’antiquité. À la suite du désastreux incendie de la Cathédrale en 1595, le matériel papier fut totalement détruit. La partition la plus ancienne remonte donc au XVIIe siècle: celle de Teofilo Macchetti “ Responsi per i morti a cinque” . L’Œuvre de la primatiale Pisane dispose d’archives modernes comprenant les partitions utilisées par l’actuelle Chapelle musicale.
Les archives comptent globalement 4000 pièces qui peuvent être disponibles pour le public qui en fait la demande en contactant le Directeur de la Chapelle Musicale de la Cathédrale.