La Capilla Musical durante su actividad plurisecular ha acumulado una extraordinaria riqueza de partituras compuestas por maestros más o menos ilustres, entre los que merece la pena mencionar a Giovan Carlo Maria Clari.
El archivo musical está dividido en dos secciones: el archivo histórico incluye las partituras utilizadas antiguamente por la Capilla Musical. Después del desastroso incendio de la Catedral, en el año 1595, todos los papeles fueron destruidos completamente. Por lo tanto, la partitura más antigua se remonta al siglo XVII: de Teofilo Macchetti "Responsi per i morti a cinque".
La Opera de la Primaziale Pisana dispone también de un archivo moderno que incluye las partituras utilizadas por la capilla musical actual.
En su totalidad, el archivo cuenta con aproximadamente 4000 trabajos que están disponibles también al público presentando solicitud al Director de la Capilla Musical de la Catedral
