Dem Museo dell'Opera del Duomo (Museum der Dombauhütte), das 1986 in den Räumlichkeiten des ehemaligen Bischofsseminar eingeweiht wurde, liegt ein museologisches Konzept zugrunde, das man viele Jahre zuvor entwickelt hatte. Dabei geht es darum, die Entwicklung der pisanischen Kunst und besonders der mittelalterlichen Bildhauerkunst, die in den Jahrhunderten der Arbeit am Platz entstand und deren Meisterwerke bis zu jenem Moment an verschiedene Orte verteilt waren, sichtbar und verständlich zu machen. Die wertvollsten Skulpturen, die man während der Restaurierungsarbeiten, denen die Monumente im Laufe der Zeit unterworfen waren, entfernt hatte - insbesondere bei den radikalen Eingriffen im 19. Jahrhundert - waren nämlich im Städtischen Museum, das später zum Nationalmuseum San Matteo wurde, gelandet; andere, die zu Beginn des 20. Jahrhunderts zugeordnet und studiert worden waren, verschwanden nach den Kriegsereignissen erneut in den Lagerräumen der Dombauhütte; wieder andere befanden sich, vermischt mit Werken aus anderen Teilen der Stadt, im Camposanto monumentale, in dem letzten und nur noch zufälligen Überbleibsel des einzigartigen Museums, das dort von Carlo Lasinio zu Beginn des 19. Jahrhunderts angelegt worden war, und das man bald darauf teilweise aufgelöst hatte.
Nachdem jedes Kunstwerk genau untersucht wurde, hat man die Ausstellungsorte neu definiert und für das neue Museum alle Skulpturen vorgesehen, bei denen man sicher war, dass sie ursprünglich zu den Bauwerken des Platzes gehörten. Daneben hat der Domschatz Platz gefunden - Silbergegenstände, liturgische Gewänder und Kodexe - sowie eine synthetische Zusammenstellung der Domausstattung, während ein spezieller Bereich den ägyptischen, etruskischen und römischen Fundstücken gewidmet ist, die zu Beginn des 19. Jahrhunderts in den Galerien des Camposanto ausgestellt waren.
Der Backsteinbau wurde als Residenz für die Domherren ins Leben gerufen, die dort von Ende des 12. Jahrhunderts bis zu Beginn des 17. Jahrhunderts wohnten, und besteht aus zwei rechteckigen Teilen, die L-förmig einen Kreuzgang bilden und trotz der Maßnahmen, die die von Bischof Carlo Antonio Dal Pozzo (1582-1607) gewollte Umwandlung zum Bischofsseminar erforderlich machte, noch erkennbar sind. Ihm ist die heutige, deutlich von den Florentinern geprägte Vorderseite zu verdanken, von deren hellem Putz sich die mit Sandstein umrahmten Fenster und die beiden symmetrisch angelegten Türen abheben. Nach der Verlegung des Seminars 1784 geriet das Gebäude in private Hände: Es wurde an den gelehrten Kunstsammler Giovanni Rosini verkauft und für kurze Zeit Sitz der "Accademia Pisana di Belle Arti" (Pisaner Akademie der schönen Künste), bis es 1887 erneut eine religiöse Verwendung fand und zu einem Nonnenkloster wurde. Die darauffolgenden entstellenden Veränderungen hat man bei der letzten Restaurierung wieder entfernt, welche man in Angriff nahm, nachdem die Dombauhütte 1979 das Gebäude erworben hatte, um dort ein Museum einzurichten.
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